2021年9月17日,雷火竞技官网生物信息系2018级生物信息学专业本科生齐浩翔、沈琪栋、赵弘毅、祁国震在国际生物信息学权威期刊《Briefings in Bioinformatics》(JCR一区,IF=11.6)发表题为“Network-based analysis revealed significant interactions between risk genes of severe COVID-19 and host genes interacted with SARS-CoV-2 proteins”的研究论文,指导教师和通讯作者为雷火竞技官网高蕾博士,雷火竞技官网为本文唯一完成单位。
本研究开发了基于Python的界面化网络分析软件Network calculator,并将其应用于探究重症新冠相关风险基因与新冠病毒SARS-CoV2蛋白相互作用的宿主基因之间的相互作用网络。通过Network calculator的网络分析,鉴定出一个包含13个重症新冠风险基因和可与SARS-CoV2蛋白相互作用的28个宿主基因的显著相互作用网络模块,整合单细胞测序的数据分析发现该网络模块的基因显著地富集在重症新冠患者肺部巨噬细胞,T细胞和上皮细胞中,研究结果为揭示新冠重症的发病机制提供了系统生物学和生物信息学层面的证据。
本研究得到高蕾老师主持的国家自然科学基金(32000477)、山东省自然科学基金(ZR2020MC061)、山东省第一医科大学学术提升计划(2019QL013)资助。
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文章链接:https://academic.oup.com/bib/advance-article/doi/10.1093/bib/bbab372/6372084。